根據微波介質加熱原理，微波加熱具有從材料內部產生，加熱速度快、穿透深度深，能選擇性加熱，操作控制方便等特點，因此在農副產品的干燥、殺蟲、殺菌等方面顯示了其他方法難以競爭的優點，得到較廣泛的應用。實踐證明：利用微波可以在較短的時間內，或在較低的溫度下，在物料的內部和表面同時得到常規方法難以達到的殺蟲或殺菌效果。
1、殺蟲：日本東芝公司首先利用微波對塌塌米（一種草墊）進行工業的殺蟲處理獲得成功。當塌塌米溫度上升到60℃左右時，其內部的害蟲和蟲卵均已殺滅。浙江黃巖一些廠家的實踐也證明利用微波進行殺蟲、殺菌，防止霉變具有良好的效果。國外在微波殺蟲方面進行了大量的研究，實踐證明當農產品本身溫度達到55℃-60℃時，其成蟲、幼蟲、蛹和蟲卵已全部殺滅。
2、殺菌：微波殺菌在食品工業中早已得到應用，1976年據日本東芝公司統計，該公司生產用于糕點、米面等食品殺菌的微波功率容量已占其工業微波總量的34％，我國也早在七十年代就對中藥材、糧食等進行滅菌、北京軍事醫學院用于實驗動物飼料和墊料的處理，安徽商業科技研究所對荔枝干進行防霉處理不僅省工省時效率高，且保持了食品原有的品質和口感均收到良好效果。國內外研究證明，利用微波均勻加熱至70--80℃時，時間保持1～2分鐘，可以使一般的腸道菌、酵母菌和霉菌基本殺滅，但殺滅原生孢子必須在121--130℃溫度下保持3-4分鐘。
3、酶的滅活：在食品和農產品的加工中，經常會遇到需對某些酶滅活處理的問題。例如從成熟谷粒軋制成的面粉，其α淀粉酶的活性很強，必須滅活處理。否則作出來的面包內部發韌，如用在其它方面（作粘接劑、加厚劑、填充劑）也是有問題的。歐洲國家生產小麥。因其α淀粉的活性特別強，更迫切需要使酶滅活，常用的方法是加熱面粉至遠高于64℃，這將導致面粉中水分喪失，還需要重新處理。但利用微波僅需加熱幾十秒，就能使酶的活性降低到允許的程度，還可殺死面粉中的大量微生物，又不影響面粉的主要特性。